Студентом-медиком в 1897 году он встретился в Цюрихе с девушкой из России и влюбился в нее. Она стала его женой. В мемуарах «60 лет еретика», изданных в 1935 году, он напишет об этом браке: «Я был женат на русской революции».

Михаил Шишкин